El río Guaítara nace en el volcán Chiles , en el Nudo de los Pastos al sur de Colombia, recorre aproximadamente 45 kilómetros de territorio ecuatoriano (provincia del Carchi) en dirección del este, marca la frontera colombo ecuatoriana, y luego discurre de sur a norte por el departamento de Nariño, entre las cordilleras andinas central y oriental hasta desembocar en el río Patía.